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Aspetti clinici e di laboratorio della diagnosi e della gestione delle infezioni cutanee e sottocutanee causate da micobatteri a rapida crescita

rapidly-growing-mycobacteriaI micobatteri a rapida crescita (RGM) sono noti per causare infezioni polmonari, extra-polmonari, sistemiche/diffuse, e infezioni cutanee e sottocutanee. La rilevazione errata di RGM che si basa unicamente sulla microscopia, sulle culture solide e liquide, sui sistemi di Bactec, e sulla reazione a catena dalla polimerasi (PCR) specie-specifica può produrre risultati fuorvianti.

Così, in ambito dermatologico si possono utilizzate misure terapeutiche inappropriate che portano ad aumento del numero casi con deformità cutanee o infezioni ricorrenti. Gli strumenti molecolari come le analisi della sequenza dell'rRNA 16S, rpoB e hsp65 o le analisi con PCR degli enzimi di restrizione, e il sequenziamento genico alternato del gene della superossido dismutasi (SOD), dnaJ, gli spaziatori interni trascritti (ITS) dell'rRNA 16S-23S, secA, recA1, dnaK, e la proteina genica di 32 kDa hanno mostrato risultati promettenti nel rilevamento delle specie di RGM. Le analisi degli enzimi di restrizione (PRA) con PCR funzionano meglio rispetto ai metodi tradizionali per individuare specie tra loro strettamente connesse. Gli strumenti molecolari recentemente introdotti, come la spettrometria di massa con desorbimento/ionizzazione laser assistito da matrice a tempo di volo (MALDI-TOF MS), il pirosequenziamento, la tecnologia del chip a DNA, e le sonde PCR combinate a sonde Beacon hanno mostrato risultati comparabili nel rilevamento di varie specie di RGM.

Le specie RGM tra loro strettamente connesse (ad esempio, Mycobacterium fortuitum, M. chelonae, e M. abscessus) devono essere chiaramente differenziate ricorrendo a tecniche molecolari precise, anche perché le loro risposte terapeutiche sono specie-specifiche.

Quindi, questo lavoro esamina tutti i seguenti aspetti degli RGM: (i) le sue fonti, i fattori predisponenti, le manifestazioni cliniche, e le concomitanti infezioni fungine; (ii) il rischio di diagnosi errate nella gestione delle infezioni da RGM, in ambienti dermatologici; (iii) le diagnosi e gli esiti delle risposte al trattamento nelle infezioni comuni e non comuni dei pazienti immunocompromessi e immunocompetenti; (iv) i metodi molecolari convenzionali rispetto a quelli correnti per l'individuazione di RGM; (v) i principi di base del promettente MALDI-TOF MS, del protocollo di campionamento per le lesioni cutanee o sottocutanee e le sue potenzialità per la differenziazione accurata di M. fortuitum, M. chelonae, e M. abscessus; (vi) i miglioramenti nella gestione dell'infezione da RGM come descritto nelle recenti linee guida dell'Istituto per gli Standard Clinici e di Laboratorio (CLSI) nel 2011, compresi i criteri di interpretazione dei metodi molecolari e i pannelli dei farmaci antimicrobici, nonché i loro punti di interruzione [concentrazioni minime inibenti (MICs)] che sono stati evidenziati all'inizio della terapia antimicrobica.

Storia della pubblicazione:

Titolo: Clinical and laboratory aspects of the diagnosis and management of cutaneous and subcutaneous infections caused by rapidly growing mycobacteria.

Rivista: Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2012 Nov 9

Autori: Kothavade RJ, Dhurat RS, Mishra SN, Kothavade UR.

Affiliazioni: Microbiology Lab, Epcor, 10065 Jasper Ave NW, Edmonton, AB, T5J 3B1, Canada

Abstract:

Rapidly growing mycobacteria (RGM) are known to cause pulmonary, extra-pulmonary, systemic/disseminated, and cutaneous and subcutaneous infections. The erroneous detection of RGM that is based solely on microscopy, solid and liquid cultures, Bactec systems, and species-specific polymerase chain reaction (PCR) may produce misleading results. Thus, inappropriate therapeutic measures may be used in dermatologic settings, leading to increased numbers of skin deformity cases or recurrent infections. Molecular tools such as the sequence analyses of 16S rRNA, rpoB and hsp65 or PCR restriction enzyme analyses, and the alternate gene sequencing of the superoxide dismutase (SOD) gene, dnaJ, the 16S-23S rRNA internal transcribed spacers (ITS), secA, recA1, dnaK, and the 32-kDa protein gene have shown promising results in the detection of RGM species. PCR restriction enzyme analyses (PRA) work better than conventional methods at identifying species that are closely related. Recently introduced molecular tools such as matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS), pyrosequencing, DNA chip technology, and Beacon probes-combined PCR probes have shown comparable results in the detection of various species of RGM. Closely related RGM species (e.g., Mycobacterium fortuitum, M. chelonae, and M. abscessus) must be clearly differentiated using accurate molecular techniques because their therapeutic responses are species-specific. Hence, this paper reviews the following aspects of RGM: (i) its sources, predisposing factors, clinical manifestations, and concomitant fungal infections; (ii) the risks of misdiagnoses in the management of RGM infections in dermatological settings; (iii) the diagnoses and outcomes of treatment responses in common and uncommon infections in immunocompromised and immunocompetent patients; (iv) conventional versus current molecular methods for the detection of RGM; (v) the basic principles of a promising MALDI-TOF MS, sampling protocol for cutaneous or subcutaneous lesions and its potential for the precise differentiation of M. fortuitum, M. chelonae, and M. abscessus; and (vi) improvements in RGM infection management as described in the recent 2011 Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) guidelines, including interpretation criteria of molecular methods and antimicrobial drug panels and their break points [minimum inhibitory concentrations (MICs)], which have been highlighted for the initiation of antimicrobial therapy. 

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